在清代以前，书院的升降与理学升降互为因果。东林书院又名龟山书院，宋时，杨时(号龟山)曾在这里讲学，后来建立了书院。到元代，这个讲学遗址改为东林底辖地，被纳入僧区。万历二十二年(1594)，吏部文选郎中顾宪成因在朝讽议政事，罢官回乡，收徒讲学。万历三十二年(16.04)，他与同乡高攀龙等商议重建东林书院。“以祟先哲之懿范”，“望收濂洛关闽之胜”(《请复东林书院公启》)。顾宪成的倡议，得到县令林宰和地方人士的支持，书院得以建成。顾宪成、高攀龙相继主持，聚众讲学，每年一大会，每月一小会，会期各三日。讲学之余，间或指陈时弊，裁量人物，锐意图新，自称“东林人”，引起朝野倾慕。

　　东林诸子按其学术流派讲，都拥护程朱学说而反对王阳明的“心学”，但彼此之间的主张不尽相同，与程朱的学说也不完全一致，这个新学派被称为“东林学派”。书院以朱烹制定的《白鹿洞规》为院规，辅之以“东林会约”。

　　如顾宪成的对联所述：“风声、雨声、读书声，声声入耳；家事、国事、天下事，事事关心。”其最大的特色是积极参与当时国家的政治活动，扩大其影响。书院不仅是东林学派教育和学术活动的中心，而且是制造舆论的政治活动中心。东林学派在政治上的主张是反对宦官把持朝政，强烈主张天下事天下人“众议”，国家事全国人“众治”，竭力要求“拔贤才”和“除民贼”。东林书院特别重视气节，注意培养学生不畏权奸、刚直不阿的精神。书院还采取了极其民主的教学组织，听讲者不受地域和学派的限制。

　　由此盛极一时，“天下书院，只知东林”，“远近名贤，同声相应，天下学者，咸以东林为归”。由于良好的教风和学风，东林书院曾培养出一批不畏权势、刚正廉洁的人物，如杨涟、左光斗等人。明末不少忠义死节之士，如范景文、李邦华、倪元璐、刘宗周、黄道周等，都出自东林书院。

　　天启五年(1625)八月，在当权太监魏忠贤一手炮制下，明烹宗颁发了尽毁天下书院的沼书。十二月，魏忠贤又罗织罪名，凡与东林书院有关系的人，甚至与东林书院全无关系，只是与当权者意见相左的人，都被指为“东林党”，矫旨向全国公布了一个309人的《东林党人榜》，公然通缉逮捕正直的官员、百姓，生者削籍、死者追本，已经剥夺者禁锢，大批学人惨遭杀戮。高攀龙不忍辱身于贼手，从容饮酒后投入后园池中自尽。

　　天启六年四月，除道南寺外，书院被强行拆毁。但东林学派的人们并没有屈服，虽书院被禁毁，不少人依然“日趋书院旧址，讲学不辍”，表示对阉党的蔑视与抗议。明末志士黄宗羲说：东林书院，“一堂师友，吟风热血，洗涤乾坤”，充分概括了东林人士的高风亮节。祟帧即位后，魏忠贤被罢黜，畏罪自杀，东林冤案得到平反昭雪。御史刘士佐请复天下书院，获沼准，各地书院相继恢复。东林书院也在崇祯六年(1633)修复。修复后的东林书院虽然讲学仍盛，但在清初的严酷统治下，清议之风难以为继。到黄宗羲主持书院时，虽然尚有理学的影响，主要已转向经世文献之学，注重经史研究，开清代朴学风气之先。